Sezon 1999/00 2. Fußball-Bundesligi - 26. edycja rozgrywek niemieckiej 2. Fußball-Bundesligi w piłce nożnej.
Rozgrywki toczyły się w jednej grupie i występowało w nich 18 drużyn. Po zakończeniu sezonu trzy czołowe drużyny awansowały bezpośrednio do Bundesligi, a cztery ostatnie drużyny spadły do Regionalligi.
2. Fußball-Bundesliga Drużyny W 2. Bundeslidze w sezonie 1999/00 występowało 18 drużyn. Drużyna Miasto Sezon 1998/99 Uwagi Drużyny, które spadły z Bundesligi 1998/99: 1. FC Nürnberg Norymberga 16. miejsce VfL Bochum Bochum 17. miejsce Borussia Mönchengladbach Mönchengladbach 18. miejsce Drużyny, które występowały w 2. Bundeslidze 1998/99: Hannover 96 Hanower 4. miejsce Karlsruher SC Karlsruhe 5. miejsce Tennis Borussia Berlin Berlin 6. miejsce 1. FSV Mainz 05 Moguncja 7. miejsce SpVgg Greuther Fürth Fürth 8. miejsce FC St. Pauli Hamburg 9. miejsce 1. FC Köln Kolonia 10. miejsce Energie Cottbus Chociebuż 11. miejsce Rot-Weiss Oberhausen Oberhausen 12. miejsce Stuttgarter Kickers Stuttgart 13. miejsce SC Fortuna Köln Kolonia 14. miejsce Drużyny, które awansowały z Regionalligi 1998/99: Alemannia Aachen Akwizgran 1. miejsce RL West/Südwest SV Waldhof Mannheim Mannheim 1. miejsce RL Süd Chemnitzer FC Chemnitz 1. miejsce RL Nordost wygrał baraże z VfL Osnabrück Kickers Offenbach Offenbach am Main 2.