Fabuła Film rozpoczyna się końcową sceną „The Human Centipede (First Sequence)”, włącznie z napisami końcowymi. Głównym bohaterem filmu jest niski, otyły i chory psychicznie Martin Lomax - w średnim wieku astmatyk z Wielkiej Brytanii. W dzieciństwie był wykorzystywany seksualnie przez swojego ojca, teraz psychicznie znęca się nad nim despotyczna matka. Martin jest zafascynowany filmem Toma Sixa do tego stopnia, że postanawia porwać 12 ludzi i w opuszczonym magazynie stworzyć z nich swoją własną ludzką stonogę. W domu posiada prawdziwą stonogę i album ze wszystkimi informacjami na temat aktorów i sposobu stworzenia ludzkiej stonogi, który pojawił się w pierwszym filmie.
W przeciwieństwie do doktora Heitera, który dokładnie dobierał osoby do stworzenia swojej stonogi, Martin atakował przypadkowe osoby, które nieprzytomne związywał i zawoził do opuszczonego magazynu. Do jego ofiar należą m.in. jego agresywny sąsiad, para nastolatków, prostytutka, kobieta w ciąży i jej czarnoskóry mąż.