Stronę prawosławną w konflikcie z unitami reprezentowało bractwo wspierane przez prawosławnego metropolitę kijowskiego Hioba i chełmskiego biskupa tego wyznania Paisjusza.

W 1633 nowo wybrany na władcę Rzeczypospolitej Władysław IV Waza uznał funkcjonowanie Kościoła prawosławnego w kraju za legalne, potwierdził przywilejami szereg praw jego wyznawców oraz zgodził się na odtworzenie hierarchii. Wśród wydanych dokumentów znalazły się dwa dotyczące cerkwi w Lublinie. Król zobowiązał się do sprawowania osobistej opieki na prawosławną świątynią w mieście i zgodził się na jej wyłączenie spod jurysdykcji unickich biskupów chełmskich. W tym samym roku metropolita kijowski Piotr Mohyła, podróżując do Kijowa z Krakowa, zatrzymał się w Lublinie, by 15 marca 1633 wyświęcić budynek cerkwi. Mimo deklaracji Władysława IV, już w 1635 unici siłą przejęli świątynię razem z działającym przy niej monasterem, co w 1638 zostało zalegalizowane nowym dokumentem królewskim. Protesty szlachty prawosławnej przedstawiane na sejmikach, dotyczące podobnych przypadków utraty budynków sakralnych, skłoniły władcę do wydania rok później uniwersału nakazującego staroście lubelskiemu zwrot cerkwi Przemienienia Pańskiego w ręce prawosławnego bractwa. Decyzja ta weszła w życie w roku następnym, jednak w 1645 obiekt znów znalazł się w rękach unitów.