Według zachowanych rachunków studnię budowano etapami; wpierw wzniesiono konstrukcję architektoniczną, następnie Grupę Ukrzyżowania na zwieńczeniu, a w ostatniej fazie figury proroków. Do XVII wieku Studnia Patriarchów stała na otwartej przestrzeni dziedzińca, a po huraganie, który spowodował jej uszkodzenia, umieszczona została w heksagonalnej kaplicy. Figury zwieńczenia zostały zniszczone podczas rewolucji francuskiej w 1791 roku. Zachował się do dziś jedynie fragment krucyfiksu – głowa i część torsu Chrystusa, prezentowany obecnie w Musée Archéologique w Dijon.
W 2004 roku ukończona została gruntowna konserwacja Studni i od tego czasu jest ona dostępna dla zwiedzających. Znajduje się ona wewnątrz wspomnianej XVII-wiecznej kaplicy, a oglądający – dzięki podestowi, który ją otacza – mają możliwość obejrzenia jej ze wszystkich stron.