20 lutego 1948 roku 12 niekomunistycznych ministrów podało się do dymisji, chcąc wymusić rozwiązanie rządu przez prezydenta i nowe wybory. Jednak do tego potrzeba było dymisji połowy gabinetu złożonego z 26 tek. Jan Masaryk nie złożył dymisji. Niezdecydowany Beneš przyjął dymisje demokratów i na ich miejsce nominował kandydatów partii komunistycznej. Na prośbę Beneša Masaryk pozostał na stanowisku w nowym rządzie komunistów.
Śmierć Trzy tygodnie później Jan Masaryk wypadł z okna łazienki w podejrzanych okolicznościach. Tuż po śmierci w prasie kolportowano wersję mówiącą o tym, że przyczyną targnięcia się na życie był rozstrój nerwowy. Oficjalne śledztwo stwierdziło samobójstwo. Opinia publiczna nie wierzyła w taką wersję. Mawiano wówczas w Pradze:
Wersja o samobójstwie została podtrzymana przez śledztwo przeprowadzone w czasie Praskiej Wiosny, w 1968 i zaraz po upadku komunizmu na początku lat 90. Istnieje również wersja, w myśl której obawiający się aresztowania Masaryk wyszedł przez okno swojego mieszkania i gzymsem próbował dostać się do sąsiednich pomieszczeń, co jednak zakończyło się śmiertelnym wypadkiemMariusz Surosz, Pepiki. Dramatyczne stulecie Czechów, Wydawnictwo W.A.B., Warszawa 2010..