W 1979 powrócił do Tunezji, angażując się w działalność na rzecz ochrony praw człowieka. Został założycielem centrum medycznego w slumsach na obrzeżach Susy, a w 1981 współtwórcą Afrykańskiej Sieci na rzecz Ochrony przed Molestowaniem Dzieci. Wstąpił do Tunezyjskiej Ligi Praw Człowieka (Ligue tunisienne des droits de l’homme, LDTH). W 1985 został jej wiceprzewodniczącym, a od 1989 do 1994 pełnił funkcję przewodniczącego tej organizacji.

Prowadząc działalność w organizacjach pozarządowych broniących praw człowieka, publicznie krytykował autorytarną politykę prezydenta ibn Alego. W czerwcu 1992 Tunezyjska Liga Praw Człowieka została decyzją władz rozwiązana, oficjalnie z powodu kontestowania i nieprzestrzegania prawa o stowarzyszeniach. W tym samym roku Marzuki został pozbawiony prawa wykonywania zawodu lekarza oraz obowiązków profesora, choć formalnie zachował stanowisko na uniwersytecie. W 1993 założył Komitet Narodowy na rzecz Obrony Więźniów Sumienia, który został uznany przez władze za nielegalny. W marcu 1993 LDTH została ponownie zalegalizowana, jednakże w lutym 1994 Marzuki zrezygnował ze stanowiska przewodniczącego organizacji.