Przebieg misji Start i przelot na orbitę okołoksiężycową Apollo 12 wystartował w zaplanowanym czasie podczas burzy. 36,5 sekundy po wystrzeleniu z Kennedy Space Center statek kosmiczny zainicjował wyładowanie atmosferyczne, które poprzez Saturna V i pióropusz zjonizowanych gazów silników rakietowych zwarło się do ziemi. Było widoczne dla obserwatorów na Ziemi. Obwody zabezpieczające ogniwa paliwowe w module serwisowym wykryły przeciążenie i wyłączyły wszystkie trzy ogniwa. Drugie uderzenie piorunu w 52 sekundzie po starcie, gdy statek i rakieta znajdowały się w chmurach, trafiło w 8-płaszczyznowy wskaźnik położenia. W pomieszczeniu kontroli misji potok telemetrycznych informacji zaindukował lawinę absurdalnych komunikatów. Jednakże Saturn V kontynuował lot prawidłowo, uderzenia piorunów nie wpłynęły na sprawność rakiety.
Utrata trzech ogniw paliwowych spowodowała przełączenie CSM na zasilanie w energię elektryczną z baterii. Baterie nie były w stanie utrzymać 27 V DC przy 75 A obciążeniu. Jedna z przetwornic wyłączyła się.