Po pożarze bazyliki 16 lipca 1690 prezbiterium zostało silnie okopcone.
Ściany i sklepienie pokrywa dekoracja malarska pochodząca z różnych okresów stylowych. Malowidła na ścianie północnej, datowane są na przełom XV i XVI wieku, wykonane najprawdopodobniej przez Tomasza Dolabellę, przedstawiają sceny Zwiastowania i przygotowania ucieczki do Egiptu. Pozostałe kompozycje są manierystyczne, pochodzące z około 1609. Są to postacie ośmiu aniołów na sklepieniu, sceny Bożego Narodzenia i pokłonu mędrców ze Wschodu na ścianie wschodniej (za ołtarzem) oraz sceny Ofiarowania Jezusa w świątyni i adoracji Maryi z Dzieciątkiem na ścianie południowej.
Prezbiterium wyposażone jest w przejście do zakrystii oraz dwa ostrołukowe okna wychodzące w kierunku północnym (na wirydarz).
Ołtarz główny
thumb|250px|Widok na ołtarz główny i prezbiterium kaplicy Matki Bożej 2 marca 1645 definitorium zatwierdziło budowę srebrnego ołtarza w kaplicy, a 11 maja 1645 odbyła się narada, której przewodniczył prowincjał o. Mikołaj Staszewski OSPPE. Wówczas zapadła decyzja dotycząca projektu ołtarza.