Jonathon Patrick Flanagan (ur. 1 stycznia 1993 w Liverpoolu) – angielski piłkarz irlandzkiego pochodzenia występujący na pozycji obrońcy.
Kariera klubowa Flanagan w pierwszym zespole Liverpoolu debiutował 11 kwietnia 2011 r. w spotkaniu przeciwko Manchesterowi City. Liverpool wygrał to spotkanie, a młody prawy obrońca zaliczył udane 90 minut, zbierając bardzo dobre recenzje obserwatorów. Dzięki dobrej grze i na skutek kontuzji rywali do gry na prawej stronie defensywy Martina Kelly'ego i Glena Johnsona młody Anglik wskoczył do składu na dłuższy czas. Tydzień później rozegrał kolejne bardzo dobre spotkanie, a Liverpool zremisował na wyjeździe z Arsenalem 1:1. W trakcie trwania tego spotkania doszło do nieprzyjemnego zdarzenia. Flanagan zderzył się głową z kapitanem drużyny Carragherem na skutek czego ten drugi musiał opuścić plac gry. Nie zdeprymowało to jednak 18-latka. W kolejnym spotkaniu Flanagan zagrał w obronie u boku swojego kolegi z Akademii Jacka Robinsona, a Liverpool pewnie pokonał Birmingham City 5:0Maxi nets treble in Reds rout - Liverpool FC. Po tym spotkaniu ekspert BBC Sport Garth Crooks umieścił go w jedenastce kolejki Premier League. Młody obrońca wystąpił również w pewnie wygranym 5:2 spotkaniu przeciwko Fulham.