Kariera trenerska Karierę szkoleniowca rozpoczął w Clyde F.C. w kwietniu 1977, by po 2 miesiącach przenieść się do Aberdeen FC. Spędził tam jeden sezon, a następnie podjął pracę w swoim ukochanym Celticu. Pracował z drużyną do roku 1983, po drodze zdobywając z nią 3 mistrzostwa, 1 Puchar Szkocji i 1 Puchar Ligi.
30 czerwca 1983 podpisał kontrakt z angielskim Manchesterem City. Po 2 latach pracy z The Citizens wywalczył awans do Division One. W trzecim roku pracy udało mu się z drużyną utrzymać na najwyższym szczeblu rozgrywek w Anglii. Sezon 1986/1987 rozpoczął jako trener Manchesteru City, jednak już we wrześniu 1986 przeniósł się do Aston Villi. Drużyna zakończyła sezon w strefie spadkowej, a McNeill został jednym z niewielu szkoleniowców, którzy w trakcie jednego sezonu prowadzili dwie drużyny, które spadły z ligi (los Aston Villi podzielił jego poprzedni klub).
W roku 1987 rozpoczął ponowną pracę szkoleniową z Celticiem. Już w pierwszym sezonie zdobył z drużyną dublet (Mistrzostwo i Puchar Szkocji). W następnym roku udało mu się ponownie zdobyć krajowy Puchar i było to jego ostatnie osiągnięcie, zanim w 1991 roku opuścił klub.