Od 14 kwietnia 1922 roku Four Courts okupowany jest przez oddziały IRA dowodzone przez Rory’ego O’Connora, który sprzeciwiał się podpisanemu porozumieniu angielsko-irlandzkiemu. Po kilku miesiącach bezczynności nasilające się naciski czekających na ewakuację Brytyjczyków oraz obawy przed zerwaniem przez nich traktatu spowodowały, że 28 czerwca wojska podległe tymczasowemu rządowi Wolnego Państwa Irlandzkiego na rozkaz dowódcy armii Michaela Collinsa zaatakowały budynek. Sprowokowało to kolejny tydzień walk w Dublinie, podczas których budynek mocno ucierpiał. Szczególnie jego zachodnie skrzydło, gdzie w czasie oblężenia doszło do eksplozji składu amunicji, który zniszczył archiwum państwowe. Prawie tysiąc lat historii w irlandzkich dokumentach przechowywanych w podziemiach Four Courts zostało bezpowrotnie zniszczonych: archiwum irlandzkiego parlamentu, setki archiwów kościelnych czy przechowywane tutaj wszystkie testamenty Irlandczyków począwszy od XVI wieku.