Zamiast tego 31 lipca 1957 zrezygnował z pracy i następnie porzucił stan kapłański.
Od 1958 pracował w Instytucie Filozofii i Socjologii Polskiej Akademii Nauk, był współorganizatorem Zakładu Religioznawstwa (po 1969 Zakład Teorii i Historii Religii). Od 1965 do 1981 był kierownikiem Zakładu Historii Chrześcijaństwa i Myśli Chrześcijańskiej. W swoich pracach w tym okresie był krytykiem moralności i etyki katolickiej. Zajmował się także badaniami religioznawczymi w ujęciu marksistowskim, negował historyczność postaci Jezusa Chrystusa. Należał do autorów opublikowanego w 1972 tomu Wybrane problemy marksistowskiego religioznawstwaZbigniew Bereszyński Religioznawstwo marksistowsko-leninowskie jako oręż konfliktu ideologicznego na przykładzie działalności ideowo-wychowawczej i szkoleniowej oraz publikacji wykorzystywanych w resorcie spraw wenętrznych PRL, w: Ile z nauki, ile z ideologii? Religioznawstwo w PRL, wyd. IPN, Kraków 2021, s. 229..
Od 1965 do 1973 był prezesem Polskiego Towarzystwa Religioznawczego.