Jednostka Zimorodka) Izraelskich Sił Powietrznych została wysłana, by odciąć drogę do wejścia na teren świątyni.
Oblężenie Snajperzy izraelscy zajęli miejsca na budynkach otaczających kompleks bazyliki 3 kwietnia. Tego samego dnia na plac Żłóbka wjechały izraelskie czołgi. Izraelskie media informowały, iż rząd uważa używanie miejsc świętych jako tarczy za cyniczne. Zwracano uwagę, że palestyńscy bojownicy strzelali z kościoła w kierunku żołnierzy izraelskich. Łaciński patriarcha Jerozolimy Michel Sabbah w oficjalnym oświadczeniu stwierdził: Bazylika jest miejscem schronienia dla każdego, nawet dla walczących, tak długo, dopóki gotowi są oni odłożyć broń. Mamy obowiązek udzielić schronienia zarówno Palestyńczykom, jak i Żydom. Bazylika, według obowiązującego na jej terenie od czasów tureckich status quo, nie znajduje się pod jurysdykcją patriarchy łacińskiego, on sam jako głowa Kościoła łacińskiego w Palestynie może wchodzić na jej teren tylko w asyście franciszkanów z Kustodii Ziemi Świętej. Pod jurysdykcją Sabbaha był przylegający do bazyliki kościół parafialny pw. św. Katarzyny Aleksandryjskiej. Izraelscy dowódcy wojskowi ustanowili główne centrum dowodzenia w znajdującym się przy placu Żłóbka „Peace Center”.