23 kwietnia rozpoczęto negocjacje w Peace Center. Negocjacje prowadził reprezentant arcybiskupa Canterbury w Betlejem Andrew White. Stronę izraelską reprezentował pułkownik i prawnik zarazem Lior Lotan. W pierwszym momencie Jasir Arafat wyznaczył Salaha Tamariego jako głównego negocjatora po stronie palestyńskiej. Kolejnym głównym negocjatorem był Mohammad Rashid. Po dwóch dniach Palestyńczycy zaakceptowali wydalenie bojowników do innego przyjaznego kraju. 25 kwietnia poddało się czterech bojowników, po tym, jak zraniono dwóch innych Palestyńczyków we wnętrzu kościoła.
1 maja z terenu bazyliki wyszło 26 osób. 5 maja do Betlejem przybyli dyplomaci brytyjscy i amerykańscy. 9 maja ustalono, że 26 bojowników zostanie przewiezionych do Gazy, 85 cywili, sprawdzonych uprzednio przez żołnierzy izraelskich, zostanie wypuszczonych na wolność, 13 pozostałych uwięzionych miało zostać we wnętrzu kompleksu pod nadzorem przedstawiciela Unii Europejskiej, by następnie zostać przewiezionych do Włoch lub Hiszpanii. Pierwszym, który opuścił teren bazyliki, był gubernator Betlejem Muhammad al-Madani. 10 maja do bazyliki wszedł ambasador brytyjski Sherard Cowper-Coles wraz z 30 członkami Royal Military Police i lekarką z Royal Air Force.