Część użytkowników zastępuje go zatem krzyżykiem różniącym się nieznacznie od tego wprowadzonego w XVII wieku przez wspomnianych niżej misjonarzy hiszpańskich. Inni rezygnują z krzyża w ogóle, wprowadzając w jego miejsce odmienny diakrytyk, tak zwany pamudpod.
Nie są to jednakże jedyne diakrytyki używane w baybayinie. Odrębne znaki diakrytyczne, znane jako kudlit, z reguły przyjmujące formę niewielkich kropek stosuje się, gdy zachodzi potrzeba zapisu sylab zakończonych innymi samogłoskami. Kudlit postawiony nad spółgłoską modyfikuje zatem sylabę, tak by ta kończyła się samogłoską i lub e. Kudlit natomiast dodany pod spółgłoską zmienia sylabę na kończącą się literami o oraz u. Nie istnieje przy tym diakrytyk informujący o tym, że samogłoska jest akcentowana bądź też wydłużona. W baybayinie nie istnieje także rozróżnienie na wielkie i małe litery. Zapisuje się je w sposób ciągły, niekiedy tylko i nieregularnie oddzielając je od siebie za pomocą znaków interpunkcyjnych. Stosowana jest jedynie bardzo oszczędna interpunkcja. Jedna ukośna bądź też pionowa linia odpowiada przecinkowi. Dwie natomiast pełnią funkcję kropki.
Teksty utrwalane w baybayinie zapisuje się od lewa do prawa.