Po agresji III Rzeszy na Polskę wstąpił do Wojska Polskiego; pod koniec września 1939 dostał się do niewoli niemieckiej. Internowany w Oflagu II B Arnswalde prowadził kursy rysunku i matematyki, w wolnym czasie portretował współwięźniów. Po zakończeniu działań wojennych wyjechał do Włoch, wstąpił do II Korpusu Polskiego.
Po demobilizacji Korpusu w 1947 zamieszkał w Wielkiej Brytanii i tam spędził resztę życia. Założył w Londynie Polską Szkołę Malarstwa, która kontynuowała tradycję Wydziału Sztuk Pięknych Uniwersytetu Wileńskiego. Dożywotnio pełnił funkcję prezesa Zrzeszenia Plastyków Polskich w Wielkiej Brytanii. Poza pracą pedagogiczną publikował artykuły na tematy związane z malarstwem.
Był członkiem Polskiego Towarzystwa Naukowego na Obczyźnie.
W 1963 podczas wystawy w Drian Gelleries w Londynie poznał lekarkę Cicely Saunders, która kupiła jeden z jego obrazów. Tak rozpoczęta znajomość przerodziła się w związek, ale Marian Bohusz-Szyszko miał w Polsce żonę, z którą był w separacji. Jako gorliwy katolik nie myślał o rozwodzie. Dopiero pięć lat po śmierci żony poślubił Cicely Saunders, para przeżyła razem piętnaście lat. Marian Bohusz-Szyszko zmarł w założonym przez żonę hospicjum św. Krzysztofa w Londynie.