W 1987 roku został prezbiterem okręgu południowego ZKE. Na pierwszym synodzie nowo utworzonego Kościoła Zielonoświątkowego został wybrany prezbiterem naczelnym. Służba Bezpieczeństwa nie akceptowała go na tym stanowisku i zamierzała go zeń usunąć. Jednak zmiany ustrojowe uniemożliwiły realizację tego zamierzenia. Osoby Hydzika na stanowisku zwierzchnika Kościoła nie akceptowała grupa zborów lubelskich i był to jeden z powodów utworzenia Kościoła Chrześcijan Wiary Ewangelicznej. Funkcję prezbitera naczelnego pełnił do roku 2000.
W okresie jego pierwszej kadencji na tym stanowisku (1988–1992) powstało 57 nowych zborów, w drugiej (1992–1996) – 31 zborów, w trzeciej (1996–2000) – 18 zborów. W ocenie Michała Hydzika wzrost ten nastąpił w dużej mierze dzięki misji namiotowej. Jako prezbiter naczelny miał pragnienie zintegrowania całego ruchu zielonoświątkowego w Polsce i na początku miał wiele zapału w tym kierunku. Inicjował w tym celu wspólne spotkania. Jednak podczas rozmów przedstawiciele innych ugrupowań ograniczali się do krytyki tych inicjatyw, zarzucali, że Kościół Zielonoświątkowy chce ich wchłonąć i nie przedstawiali własnych propozycji.