Flower był zdaniem Santiago pierwszą grą Thatgamecompany wykonaną bez powiązań z uniwersytetem. Na różnych etapach produkcji pracowało od sześciu do dziewięciu osób, a Chen pozostał w studiu przy cały okres produkcji. Muzyka do gry została skomponowana przez Vincenta Diamante, który pracował wraz z Chenem i Santiago nad Cloud. Grę produkowano przez dwa lata, z czego trzy czwarte czasu zespół spędził na tworzeniu prototypu. Po wybraniu elementów rozgrywki pracowano nad grą Flower zaledwie sześć miesięcy. Tak samo jak Flow, gra spotkała się z pozytywnym przyjęciem po premierze w lutym 2009 roku, znajdując się w czołówce najczęściej pobieranych gier roku na PlayStation Network i zdobywając szereg nagród. Po wydaniu Flower Thatgamecompany przeniosło swoją siedzibę do własnego budynku w Los Angeles.

Następnym projektem spółki była Podróż, która ukazała się w marcu 2012 roku. Stanowiła ostatnią grę kontraktową na zlecenie Sony, a przy jej produkcji pracowało czternaście osób. Nie należała do tego grona Santiago, która zajmowała się swoimi obowiązkami prezesa spółki; w efekcie producentem gry został Robin Hunicke. Produkcja gry trwała trzy lata, chociaż miała zająć rok;