Rankiem 12 grudnia, chrześcijanie wdarli się do miasta, zabijając większość mieszkańców, łupiąc i paląc domy. Boemund starał się zapobiec masakrze, jednak nie zdołał opanować swoich żołnierzy, do tego nie mógł rozkazywać wojskom pozostałych baronów. W efekcie, mężczyźni, którzy oddali się pod jego opiekę, zostali wymordowani, a kobiety i dzieci sprzedano w niewolę.
Zdobycie Ma’arratu wzmocniło napięcia pomiędzy południowymi Francuzami Rajmunda a Normanami Boemunda. Przez cały czas trwania oblężenia, obie strony nieustannie rywalizowały ze sobą o zdobycze. Rajmund uważał, że większość łupów powinna przypaść jemu, ponieważ to jego oddziały zbudowały beluardę i dokonały podkopu, ale w rzeczywistości prawie wszystkie zdobycze zagarnął Boemund, który otrzymał haracz od wielu mieszkańców Ma’arratu. W tej sytuacji, hrabia Tuluzy zażądał oddania mu miasta, które chciał podporządkować biskupowi Albary. Boemund oświadczył na to, że nie wyprowadzi swych wojsk z Ma'arratu, póki oddziały Rajmunda nie opuszczą Antiochii. W armii rosło niezadowolenie. Zwykli żołnierze chcieli czym prędzej wyruszyć do Jerozolimy. 24 grudnia, po długich kłótniach obu baronów, przedstawiciele wojska oświadczyli Rajmundowi, że jeśli zorganizuje wymarsz armii na południe, żołnierze uznają go za wodza całej krucjaty.