Zamach terrorystyczny z 11 września 2001 wywarł duży wpływ na Battery Park City. Mieszkańcy Lower Manhattanu, a zwłaszcza Battery Park City, zostali przesiedleni z tych obszarów na dziesięć dniNation challenged Battery Park City displaced, begin make their way back home.. Część obiektów była oficjalnymi „miejscami zbrodni”, dlatego rezydenci nie mogli wrócić do swoich domów przez dłuższy czas. Uzyskawszy w końcu pozwolenie na powrót do Battery Park City, niektórzy mieszkańcy Gateway Plaza zgłaszali, że ich domy zostały splądrowane. Powietrze nad Battery Park City, a także pobliskimi obszarami, wypełnione było toksycznymi dymami z pożarów World Trade Center aż do stycznia 2002 roku.
Niektóre budynki kompleksu Gateway Plaza, a w tym Hudson View East i ówczesny Park Place (obecnie Rector Square), zostały przebite przez części samolotów, które uderzyły w wieże, co pociągnęło za sobą poważne zanieczyszczenia. Winter Garden i inne elementy World Financial Center również doznały pewnych uszkodzeń. Podczas gdy znaczna część mieszkańców obszaru Battery Park City wyprowadziła się na stałe, czasowe ograniczenie spłaty czynszów i dotacje rządowe pomogły w kolejnych latach przywrócić do dzielnicy dawnych rezydentów.