Kampania 1939 roku Niewiele wiadomo o udziale Rajsa w kampanii wrześniowej w 1939 roku. 31 sierpnia wraz z 85 pułkiem piechoty został przeniesiony w rejon Łowicza i walczył w Armii „Prusy”. Był dowódcą plutonu, jego zadanie polegało na rozpoznaniu przedpola. Jego macierzysta jednostka (85 pp) została rozproszona 5–6 września w walkach pod Tomaszowem Mazowieckim. Po przekroczeniu Wisły z 17 żołnierzami, jego oddział został rozbity 15 września pod Lublinem. Wraz z pięcioma żołnierzami cofał się w stronę Kowla i Berezy Kartuskiej. Na trasie Kowel-Bereza Kartuska został zatrzymany przez oddział uzbrojonych Białorusinów i odesłany do Lidy w celu złożenia broni i zdania koni. Rajs został wkrótce zwolniony i wrócił do Wilna. Poszukiwał pracy.
Działalność w Armii Krajowej W konspiracji działał już od roku 1939, posługując się rozmaitymi pseudonimami: Romuald Dąbrowski, Jerzy Góra, Eugeniusz Rajs, Romuald Rostkowski, Stanisław Wyszyński.