Powiedział kiedyś: „Tylko zmarły więzień jest więźniem przyzwoitym”. Do okrucieństw popełnionych przez Aumeiera w Auschwitz należało między innymi: osobiste przeprowadzanie i nadzorowanie licznych egzekucji przez rozstrzelanie pod Czarną Ścianą przy bloku 11 i egzekucji przez powieszenie (m.in. na jego rozkaz 19 marca 1942 rozstrzelano 144 kobiety na dziedzińcu między blokami 10 i 11), dokonywanie selekcji więźniów, co oznaczało ich śmierć w komorach gazowych, polecanie zabijania więźniów zastrzykami fenolu oraz gorliwe współdziałanie przy masowej eksterminacji Żydów w komorach gazowych w Brzezince. Oprócz tego był odpowiedzialny za niezwykle ciężkie warunki bytowania więźniów w obozie, niewolniczą eksploatację więźniów oraz nieustanne znęcanie się nad nimi. 18 sierpnia 1943 Aumeier został usunięty ze stanowiska na wniosek komendanta Auschwitz Rudolfa Hössa ze względu na korupcję i złodziejstwo.