Po kilkukrotnych wezwaniach, biskup Morris stawił się w Watykanie w styczniu 2008, gdzie kardynał Giovanni Battista Re przekazał mu nieoficjalnie, iż papież oczekuje jego rezygnacji. Morris stanowczo odmówił jej złożenia. W grudniu 2008 zwrócił się do papieża Benedykta XVI o przyjęcie go na audiencji prywatnej. Papież wyraził zgodę i w czerwcu 2009 spotkał się z Morrisem, któremu towarzyszył przewodniczący Konferencji Episkopatu Australii arcybiskup Philip Wilson. W czasie tego spotkania Benedykt XVI miał osobiście wezwać Morrisa do dobrowolnej rezygnacji, na co ten odpowiedział odmownie. W kolejnych miesiącach trwały negocjacje między Morrisem a Stolicą Apostolską, dotyczące daty i trybu jego rezygnacji. Biskup był gotowy skrócić swoją posługę o pięć lat względem przepisów prawa kanonicznego, przez co odszedłby na emeryturę w październiku 2013, ukończywszy 70 lat. Watykan jako nieprzekraczalny termin jego dobrowolnej dymisji wyznaczył 1 maja 2011. Morris nie zgodził się na to rozwiązanie.