Następnie złożył podanie o przyjęcie na wydział medycyny na uniwersytecie w Buenos Aires. W trakcie studiów dorabiał, pracując w między innymi Clínica Pisani oraz podróżował po kraju na motocyklu. Uniknął służby wojskowej, ponieważ komisja wojskowa zanegowała jego zdolność do służby z powodu „ograniczonej wydolności fizycznej”.
Na emigracji Pobyt w Gwatemali
mały|150px|lewo|Ernesto Guevara (1945) Po ukończeniu studiów, 7 lipca 1953 wyjechał z kraju. Odbył podróż motocyklową po Boliwii, Peru, Ekwadorze, Panamie, Kostaryce, Hondurasie i Salwadorze. W krajach tych natknął się na problem biedy i ucisku społecznego. W wyprawach towarzyszył mu jego przyjaciel Alberto Granado. Złe warunki życia mieszkańców państw Ameryki Południowej i Środkowej, w połączeniu z jego marksistowskimi zainteresowaniami, przekonały go do przyjęcia poglądów rewolucyjnej lewicy.