Latem 2006 Aguirre podpisał kontrakt z francuską drużyną FC Metz. W Ligue 2 zadebiutował 25 września 2006 w wygranym 2:1 spotkaniu z Montpellier HSC, natomiast pierwszego ligowego gola we Francji strzelił 16 marca 2007 w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Créteil. Po sezonie 2006/2007 awansował z Metz do Ligue 1, gdzie zdobył 2 gole w 17 meczach i już po roku spadł z powrotem na zaplecze najwyższej klasy rozgrywkowej.
W kwietniu 2008 Aguirre powrócił do ojczyzny, zostając piłkarzem swojego macierzystego klubu, Alianzy Lima. Jej barwy reprezentował przez kolejne dwa lata, jednak oprócz wicemistrzostwa Peru w rozgrywkach 2009 nie odniósł z zespołem większych sukcesów. Podczas drugiego pobytu w Alianzy wpisał się na listę strzelców 28 razy w 78 spotkaniach.
W letnim okienku transferowym 2010 Aguirre za sumę 1,4 miliona euro zasilił meksykański klub San Luis FC, podpisując z nim trzyletnią umowę. W tamtejszej Primera División zadebiutował 24 lipca 2010 w zremisowanej 1:1 konfrontacji z Monterrey i w tym samym spotkaniu po raz pierwszy strzelił bramkę w oficjalnym meczu San Luis.