Wojna cenepska z początku 1995 roku między Ekwadorem i Peru była ostatnim konfliktem gdzie wykorzystano samoloty odrzutowe tego kraju. Piloci Ekwadoru strzegli przestrzeni powietrznej swego kraju mając zakaz prowokowania i naruszania granic Peru. Doszło jednak do wymiany ognia między stronami, jak i walk powietrznych. Po wojnie uznano za konieczne dorównanie siłom powietrznym Peru pod względem jakości. Postanowiono zakupić w 1996 roku samoloty MiG-29 od Białorusi i Su-25. W 1997 roku doszło do zestrzelania amerykańskiego samolotu P-3C Orion, który patrolował wybrzeże przeciwko handlarzom narkotyków, a nie udało się z nim nawiązać łączności.
Pomimo modernizacji Kifrów, kryzys finansowy Ekwadoru doprowadził w 2002 roku do wycofania samolotów Jaguar, a do 2009 roku Mirage F-1. Kifry zostały decyzją ministerstwa uziemione. W ramach szukania rozwiązań poproszono Wenezuelę o pomoc w uzyskaniu części zamiennych do samolotów Mirage F-1, które pochodziły by ze starych maszyn Wenezuelskich. Oprócz dostarczenia części otrzymano również sześć samolotów zdolnych do lotu Mirage 50. Samoloty dotarły do Ekwadoru końcem 2009 roku, lecz bez części zamiennych. Uziemiło to samoloty w lipcu 2010 roku, a potem wycofanie ze służby z Mirage F-1, które trwało do 11 lutego 2011 roku.