W 1576 roku w Moskwie został oddany do użytku wiernych kościół św. Michała jako pierwsza luterańska świątynia na ziemiach rosyjskich. Pod koniec XVII wieku luteranie niemieccy rozproszyli się po całej Rosji, głównie ze względu na rozmieszczenie garnizonów wojskowych.
W wyniku Wojny Północnej pod administrację rosyjską przeszły dawne szwedzkie prowincje Inflanty i Estonia z dużą populacją luterańską. Aby uzyskać poparcie tamtejszej szlachty, Piotr Wielki zagwarantował protestantom wolność wyznaniową i niezależność administracyjną. Efektem polityki zasiedlania terenów przygranicznych imigrantami prowadzonej przez Katarzynę Wielką był wzrost populacji niemieckich luteran w Rosji.
Pomimo de facto uznania luteranizmu w kraju, starano się ograniczyć rozwój tego wyznania tylko do narodów nie-rosyjskich. Całkowite uznanie nastąpiło dopiero w 1832 roku, kiedy pełnię praw uzyskał Ewangelicko-Luterański Kościół w Rosji (niem. Evangelisch Lutherische Kirche in Russland), łączący zbory luterańskie i reformowane w trzech regionach administracyjnych: Rosji właściwej, Wielkim Księstwie Finlandii i Królestwie Polskim z carem jako Najwyższym Biskupem.