Następnie osiem z nich oddzieliło się na skutek aneksji Krymu przez Rosję, a kolejnych dziesięć (Aleksandria, Chersoń, Dniepr, Lwów, Łozowa, Łuck, Mikołajów, Odessa, Winnica, Żytomierz) – w efekcie rozłamu na tle działalności biskupa Maschewskiego.
W 2016 zostały nawiązane stosunki z ukraińskimi kościołami kalwińskimi zrzeszonymi w Konfederacji Ewangelicznych Kościołów Reformowanych: Kościołem Chrystusa Zbawiciela i Kościołem „Boże Przymierze” w Równem, Kościołem św. Trójcy w Iwano-Frankiwsku i Kościołem św. Andrzeja w Podhajczykach. Wspólnoty te początkowo wyznawały baptyzm reformowany, a z biegiem czasu przyjęły klasyczny kalwinizm. Dzięki prowadzonej współpracy ukazana została bliskość stanowisk teologicznych między reformowanymi kościołami a Kościołem Ewangelicko-Luterańskim, co umożliwiło wprowadzenie interkomunii i wspólnoty ambony, opartej na Konkordii Leuenberskiej. Od 2018 rozpoczęła się dyskusja na temat sposobu integracji zborów Konfederacji Ewangelicznych Kościołów Reformowanych i luterańskich. Corocznie miały miejsce wspólne konferencje, na których omawiane były formy unifikacji, umożliwiające zachowanie tradycji i tożsamości obu stron.
30 listopada 2019 wprowadzony w urząd został nowy biskup kościoła, ks. Pawło Szwarc.