Los metropolity kazańskiego sprawił, że żaden z pozostałych wyższych duchownych nie protestował przeciwko małżeństwu Dymitra i Maryny – ich podpisy widnieją na kontrakcie ślubnym.
Panowanie Dymitra i obecność jego polskich doradców Hermogen przyjmował jednoznacznie negatywnie, jako próbę szerzenia w Rosji katolicyzmu, który uważał za herezję równoznaczną z oddaniem się w służbę szatanowi.
Patriarcha moskiewski i całej Rusi W czasie rządów Wasyla Szujskiego right|thumb|Kopia panagii podarowanej patriarsze Hermogenowi przez Wasyla Szujskiego thumb|Ikona Hermogena z 1915 17 maja 1606 Dymitr Samozwaniec został zamordowany, zaś dwa dni później na nowego cara Duma Bojarska wybrała Wasyla Szujskiego. W czasie wyborów metropolita Hermogen opowiadał się za kandydaturą nieletniego Michała Romanowa. Szujski został koronowany 1 czerwca tego samego roku. Nowy car doprowadził do usunięcia z urzędu popieranego niegdyś przez Polaków patriarchy Ignacego, zwolennika uniatyzmu. Sobór biskupów, który ogłosił usunięcie Ignacego, wybrał zarazem na jego następcę metropolitę Hermogena, także z poparciem cara.