Małżeństwo Dnia 6 września 1764 roku ożenił się z 18-letnią Elizabeth Hooton z Bostonu, jedyną córką zmarłego kupca Richarda Hootona. Zamieszkali w majątku jej ojca przy Hanover Street. Elizabeth zmarła 27 kwietnia 1773 roku pozostawiając mu czworo dzieci: Elizabeth, Josepha, Mary, i Richarda. W chwili śmierci Warrena, jego dzieci przebywała z jego narzeczoną, Mercy Scollay. W 1778 generał Benedict Arnold (Przyjaciel Warrena z Cambridge) dał 500$ na edukacje dzieci Warrena i płacił za ich utrzymanie aż najmłodsze dziecko osiągnęło pełnoletniość.
Życie polityczne i społeczne W wieku 23 lat Joseph Warren zaczął praktykować jako lekarz w Bostonie, który w tym czasie w większości zamieszkały był przez anglików. Jednym z jego pacjentów był John Adams, patriota, z którym to się zaprzyjaźnił. Ostro krytykował Ustawę o Pieczęciach podpisaną kilka miesięcy po małżeństwie Josepha i Elizabeth. Pisał artykuły do Boston Gazette pod pseudonimem "Patriot True", wyrażając swoje niezadowolenie z rządów angielskich. Po publikacjach w gazecie zyskał szacunek w radykalnych kręgach. Po niedługim czasie został wciągnięty do życia politycznego i wraz z takimi osobami jak Jonathan Mayhew, Samuel Adams, James Otis, Thomas Cushing, Samuel Cooper, John Adams, Paul Revere i wielu innych tworząc ruch separatystyczny znany jako Synowie Wolności.