Współczesność Na przełomie lat 1998/1999 rozpoczął się proces restrukturyzacji szpitala. W 2001 otwarto szpitalny oddział ratunkowy. W lutym 2006 otwarto pracownię tomograficzną. Szpital otrzymał certyfikat ISO 9001:2000. 1 maja 2008 z Samodzielnego Publicznego Zakładu Opieki Zdrowotnej we Wrześni powstał Niepubliczny Zakład Opieki Zdrowotnej – Szpital Powiatowy we Wrześni Spółka z o.o. Prezesem spółki został Zbyszko Przybylski, który od stycznia 1998 pełnił funkcję dyrektora szpitala. Od 20 października 2011 zarząd szpitala powołał na stanowisko dyrektora placówki Krystynę Dudzińską.
Szpital dysponuje następującymi oddziałami: anestezjologii i intensywnej terapii Szpitalny Oddział Ratunkowy chorób wewnętrznych z intensywnym nadzorem kardiologicznym neurologiczny, udarowy pediatryczny rehabilitacja ogólnoustrojowa, rehabilitacja neurologiczna, ośrodek rehabilitacji dziennej chirurgia ogólna ortopedii i traumatologii narządu ruchu położniczo-ginekologiczny z systemem roomin-in z blokiem porodowym hospicyjno-paliatywny neonatologiczny z pododdziałem patologii noworodka świadczenia w trybie jednego dnia blok operacyjny z centralną sterylizatornią