W grudniu 2013 Małgorzata Rejmer została nominowana do Paszportów Polityki w dziedzinie literaturyLiteratura 2013. Nominowana Małgorzata Rejmer.. Jest laureatką Gwarancji Kultury, nagrody przyznawanej przez TVP Kultura najciekawszym i najważniejszym artystom. Otrzymała ją za Bukareszt. Kurz i krew – „zbiór reportaży z miasta pełnego śladów dawnej świetności i upadku. Za przejmujące historie mieszkańców Bukaresztu, zawieszonych pomiędzy spuścizną komunistycznej dyktatury Ceaușescu a światem Zachodu. Za język reportażu najwyższej próby”.
W październiku 2018 ukazała się kolejna reportażowa książka Rejmer Błoto słodsze niż miód. Głosy komunistycznej Albanii (Wydawnictwo Czarne). Za tę książkę w 2019 roku otrzymała Paszport Polityki w kategorii Literatura, Nagrodę Bursztynowego Motyla oraz w 2020 Nagrodę Kościelskich. W 2019 otrzymała tytuł Młodego Ambasador Polszczyzny.
W roku 2023 nakładem Wydawnictwa Literackiego ukazała się jej książka Ciężar skóry - zbiór dziesięciu opowiadań prozatorskich.