W lipcu 2001 został wypożyczony na pół roku do klubu CF Pachuca, z którym w sezonie Invierno 2001 zdobył swoje drugie mistrzostwo Meksyku, będąc jednak wyłącznie alternatywnym graczem w taktyce trenera Alfredo Teny.
W styczniu 2002, po powrocie do Morelii, Morales wywalczył sobie niepodważalne miejsce w linii pomocy swojego zespołu, będąc kluczowym zawodnikiem drużyny odnoszącej sukcesy na arenie krajowej jak i międzynarodowej. W jesiennym sezonie Apertura 2002 zanotował tytuł wicemistrza kraju, a w tym samym roku dotarł także do finału najbardziej prestiżowych rozgrywek północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharu Mistrzów CONCACAF. Obydwa te sukcesy powtórzył również kilka miesięcy później – podczas wiosennych rozgrywek Clausura 2003 ponownie wywalczył wicemistrzostwo kraju, wówczas także drugi raz z rzędu dochodząc do finału północnoamerykańskiej Ligi Mistrzów. W lipcu 2004, po blisko sześciu latach spędzonych w Morelii, przeszedł do klubu Tigres UANL z siedzibą w Monterrey, gdzie jako podstawowy zawodnik w 2005 roku triumfował w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores – InterLidze.