1999–2011 Sezony 1998/99 – 2010/2011 Sezon Miejsce Bramki strzelone Bramki stracone Punkty Średnia frekwencja 1998/99 osiemnaste 41 79 21 26.082 1999/00 piąte 60 43 54 22.676 2000/01 drugie 62 31 62 19.888 2001/02 dwunaste 41 53 39 30.231 2002/03 dwunaste 43 45 42 28.921 2003/04 jedenaste 40 49 39 32.276 2004/05 piętnaste 35 51 36 49.168 2005/06 dziesiąte 42 50 42 47.732 2006/07 osiemnaste 23 44 26 47.485 2007/08 pierwsze 71 38 66 40.264 2008/09 piętnaste 39 62 31 47.367 2009/10 dwunaste 43 60 39 46.410 2010/11 szesnaste 48 65 36 45.188 czerwony: Spadek do 2. Bundesligipomarańczowy: Awans do Bundesligiżółty: Baraże o utrzymanie się w lidze Koniec XX i pierwsza dekada XXI wieku była najgorszym okresem w historii Borussii. Klub dwukrotnie spadł do 2. Bundesligi w 1999 i w 2007 roku. W 2011 roku Die Fohlen zajęli 16. miejsce w związku z tym grali baraże o utrzymanie się w lidze, które wygrali. Ani razu nie udało się zająć miejsca w górnej połowie tabeli. W 2004 roku zakończono budowę nowego nowoczesnego stadionu Borussia-Park.