Wojsko Polskie (1918–1925) thumb|Pułkownik Franciszek Latinik podczas defilady wojskowej w Cieszynie (1919) Po wyleczeniu został skierowany na terytorium okupowanego przez Austriaków Królestwa Polskiego. Objął stanowisko dowódcy okręgu wojskowego w Zamościu. 2 listopada 1918, gdy władze austriackie w Zamościu zostały zlikwidowane, Latinik przeszedł do Wojska Polskiego i objął dowództwo miejscowego garnizonu, popierając równocześnie działającą w mieście Polską Komisję Likwidacyjną.
Konflikt o Śląsk Cieszyński thumb|Latinik w 1919 roku, w czasie polsko-czeskiego konfliktu granicznego o Śląsk Cieszyński 17 listopada 1918 został mianowany dowódcą okręgu wojskowego w Cieszynie i przystąpił do organizowania oddziałów polskich na Śląsku Cieszyńskim. 23 stycznia 1919 odrzucił ultimatum czeskie żądające ewakuacji sił polskich z tego terytorium i stanął na czele około dwutysięcznego oddziału w walkach przeciwko nacierającym wojskom czeskim. Wyparty z Bogumina, Karwiny i Cieszyna, zatrzymał czeską ofensywę w bitwie pod Skoczowem 29–30 stycznia i doprowadził do zawieszenia broni 31 stycznia. Był członkiem delegacji polskiej do Komisji Rozjemczej utworzonej przez Komisję Międzysojuszniczą w Cieszynie.