Krótko przed wybuchem II wojny światowej, opony Stomilu stosowało 2/3 kierowców i 1/3 rowerzystów; otwarto też filię firmy w Dębicy. W 1939 saperzy z jednostki przy ul. Rolnej wybudowali most drewniany na Warcie łączący Stomil z fabryką mydła „Tukan”. Został on spalony około 4–5 września 1939; w tym samym czasie wysadzono most kolejowy na Starołęce. Wcześniej załogę wraz z maszynami i produktami ewakuowano w kierunku Warszawy i Dębicy. Podczas niemieckiej okupacji firma działała pod kierownictwem Continental Gummiwerke AG Hannower. Do pracy zatrudniono robotników przymusowych. W sierpniu 1941 Gestapo aresztowało 60 z nich, 48 zginęło w obozach koncentracyjnych. Po wojnie, 20 lutego 1965, odsłonięto tablicę ku czci zamęczonych w czasie okupacji pracowników, a historię zakładu miała przypominać Izba Pamiątek.
Pierwszą powojenną oponę wyprodukowano 30 kwietnia 1945 i prezentowano, przybraną biało-czerwonymi szarfami, podczas pierwszomajowego święta. Była to opona do samochodu ciężarowego o wymiarach 700x20 z napisem Polska opona Stomil. Rozpoczęta została odbudowa prawie całkowicie zniszczonej fabryki. W 1949 zakład upaństwowiono mimo wielu wniosków właściciela, Miasta Poznań, by tego nie robić z uwagi na duże znaczenie Stomilu dla budżetu miasta.