Hypsilophodon, Orodromeus, Haya i Gasparinisaura), u których owa szczelina jest płytka lub w ogóle nie występuje; różni go to natomiast od bazalnych dinozaurów ptasiomiednicznych takich jak Abrictosaurus, Eocursor i Lesothosaurus oraz bazalnych przedstawicieli Neornithischia takich jak Agilisaurus czy Hexinlusaurus, u których owa szczelina jest wyraźna i głęboka. Także budową paliczków Y. tiantaiensis bardziej przypomina Hypsilophodon niż bazalne dinozaury ptasiomiedniczne oraz bazalnych przedstawicieli Neornithischia. Yueosaurus różni się od marginocefali stosunkowo krótkim i szerokim trzonem łopatki (ang. scapular shaft) oraz długim i prostym tylnym wyrostkiem kości łonowej (ang. post-pubic process) w kształcie drąga.
Ponieważ zdaniem autorów jego opisu Yueosaurus nie był bazalnym przedstawicielem Neornithischia ani marginocefalem, zaliczyli go oni do ornitopodów. Ich zdaniem jest on bazalnym przedstawicielem tej grupy, na co wskazuje m.in. kształt końców: bliższego i dalszego łopatki, wspomniany już kształt tylnego wyrostka kości łonowej, wąska i lekko zgięta ku przodowi kość udowa oraz kształt paliczków. Jednak według autorów w oparciu o znane skamieniałości tego dinozaura nie można na razie ustalić jego dokładnej pozycji filogenetycznej w obrębie Ornithopoda.