2 stycznia 1917 roku przeniesiono pułk do Zegrza, gdzie legioniści zostali poddani szkoleniu według regulaminów niemieckich, co trwało aż do sierpnia. Latem 1917 roku w Legionach rozgorzał tzw. „kryzys przysięgowy”: Niemcy, którzy od kwietnia przejęli dowództwo nad Legionami Polskimi, zażądali od legionistów – obywateli byłego zaboru rosyjskiego – złożenia przysięgi na wierność Cesarstwu Niemieckiemu i Austro-Węgrom, wbrew opinii Józefa Piłsudskiego. Doszło do rozdźwięków na tym tle w całych Legionach, również i w 3 pułku. Na łączną liczbę zobowiązanych do przysięgi pięciu oficerów i 496 szeregowych pułku, złożyło ją odpowiednio dwóch i 297, zaś 3 i 199 odmówiło. Internowano ich w obozach w Beniaminowie i w Szczypiornie.
24 sierpnia 1917 roku dyslokowano pułk w rejon Przemyśla. Kiedy zdecydowana większość oficerów i żołnierzy opowiedziała się za pozostaniem w służbie, 25 października 1917 roku został on odesłany na front nad Prut. W związku z uszczupleniem stanów osobowych i brakiem uzupełnień przeprowadzono reorganizację. Pułk posiadał trzy bataliony po trzy kompanie każdy. Po krótkim pobycie na linii frontu w rejonie Czerniowiec pułk wycofano do odwodu do lutego 1918 roku.