Władze Wydziału Kadencja 2024–2028: Dziekan, Przewodniczący Rady Dyscypliny Nauki Teologiczne – ks. prof. dr hab. Dariusz Kotecki Prodziekan ds. nauki – ks. dr hab. Zbigniew Zarembski, prof. UMK Prodziekan ds. promocji i rozwoju – ks. dr hab. Dariusz Iwański, prof. UMK Prodziekan ds. studenckich i kształcenia – ks. dr Sławomir Tykarski
Organizacje Chór Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu (ks. Maciej Kępczyński), Zespół Kameralny „Portamus Gaudium” (prowadzący – dr Agnieszka Brzezińska), Duszpasterstwo Akademickie Wydziału Teologicznego „Źródło” (kapelan – ks. dr Dawid Wasilewski), Akademickie Koło Miłośników Starożytnego Biblijnego Izraela (opiekun - ks. dr hab. Dariusz Iwański, prof. UMK) Samorząd Studencki (Wydziałowa Rada Samorządu Studenckiego), Kujawsko-Pomorskie Bractwo św. Jakuba w Toruniu, Bractwo Toruńskich Belenistów.
Wydziały partnerskie Wydział Teologii Uniwersytetu Navarra w Pampelunie Wydział Teologii Uniwersytetu w Salamance Wydział Teologii Uniwersytetu w Würzburgu Wydział Teologii Uniwersytetu w Kownie Wydział Teologiczny w Koszycach