2013–2018: Filmy o Polsce mały|upright|Agata Kulesza grała w IdzieW międzyczasie Pawlikowski opracował projekt filmu o postulantce w katolickim zakonie (Agata Trzebuchowska), która od swojej ciotki (Agata Kulesza) dowiaduje się, że jest Żydówką. Pierwotnie scenariusz napisany wraz z Cezarym Harasimowiczem był zatytułowany Sister of Mercy (Siostra miłosierdzia), jednak Pawlikowski przeredagował go wraz z Rebeką Lenkiewicz i przemianował na Idę (2013). Ida wzbudziła w Polsce olbrzymie kontrowersje; środowiska prawicowo-konserwatywne zarzucały reżyserowi przypisanie Polakom udziału w Zagładzie Żydów podczas II wojny światowej, podczas gdy krytycy lewicowi – utrwalanie stereotypu żydokomuny, ucieleśnianego przez postać graną przez Kuleszę. Mimo to niekiedy – ze względu na odrealnienie filmowej rzeczywistości, osiągnięte przez poetyckie czarno-białe zdjęcia – akcentowano niejednoznaczność, z jaką Ida podejmowała temat II wojny światowej i epoki stalinowskiej. Na 38. edycji Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych Ida otrzymała Złote Lwy dla najlepszego filmu. Pawlikowski został później nagrodzony podczas 17. ceremonii wręczenia Orłów za najlepszy film i najlepszą reżyserię.