Wykonał tysiące rysunków i cykli rysunkowych, w których widać jego niezwykłą wrażliwość na piękno w architekturze. Noakowski tworzył tak zwaną fantazję architektoniczną, czyli pokazywał jak mógłby wyglądać dowolny obiekt w każdej epoce. Bardzo dużo pracował, stworzył wiele cykli rysunkowych. Wystawiał w kraju i za granicą.
Wykonane prace (wybór) projekt kaplicy mieszczącej urnę z sercem T. Kościuszki na zamku w Rapperswillu, 1895 projekt dwóch nagrobków biskupów kujawskich do katedry włocławskiej Opracował cykl rysunków zwany „suitą polską” Seria Widoków Wzgórza Wawelskiego projekty rekonstrukcji sal w Belwederze seria Bram Wolności fantazje na temat architektury asyryjsko- babilońskiej
Odznaczenia i nagrody Order św. Stanisława II klasy, 1907 komandoria orderu Polonia Restituta, 2 maja 1923 Nagroda Prezesa Rady Ministrów za całokształt działalności artystycznej, 1926
Członkostwa w organizacjach życia członek Towarzystwa Artystów Polskich „Sztuka” członek Polskiego Instytutu Sztuk Pięknych w Krakowie (od 1924)
Upamiętnienie mały|Muzeum Stanisława Noakowskiego w Nieszawie mieszczące się w dawnym domu Noakowskiego W 1934 roku w klasycystycznym domu z I połowy XIX w., w którym rodzina Noakowskich mieszkała w latach 1868–1877, utworzono Muzeum im.