XIII w. to zachowanie wzorów z XII w. oraz rozbudowa aparatu kancelaryjnego. Te same osoby zostają kanclerzami, notariusze zastąpili kapelanów. Personel jest bardziej wykształcony (kończą zagraniczne uniwersytety), dokumenty spełniają coraz bardziej wymogi europejskie. Pojawia się formuła datum per manus (potwierdzająca zgodność treści z czynnością). Po zjednoczeniu poszczególne kancelarie zanikają a funkcje kanclerza kraju przejmuje kanclerz krakowski jako kanclerz Królestwa lub królewski. Realnie kancelarią kieruje podkanclerzy krakowski. Kanclerze dzielnicowi stają się urzędnikami tytularnymi, a w XV wieku zanikają.
Nie było sztywnego podziału kompetencji. Kanclerz opiekuje się pieczęcią majestatyczną, podkanclerzy mniejszą królewską, sekretarz wielki pieczęcią sekretną. Do końca XV wieku podkanclerzym i kanclerzem mogli być w tym samym czasie duchowni. Od 1504 r. nie mogli nimi być abp. gnieźnieński, krakowski, wrocławski, płocki, poznański, warmiński. Od 1507 r. jeden z tych urzędów musiał być piastowany przez osobę świecką. Dokumenty wystawiano na prośbę monarchy. Kanclerz wydawał niektóre dokumenty sam tylko w XV w. gdy stwierdził, że nie naruszają one prawa. Od 1504 r.