W latach 1967 i 1968 był wykładowcą na Wyższej Szkole Filozoficzno-Teologicznej w Königstein im Taunus, gdzie nadano mu tytuł profesora nadzwyczajnego. Następnie przeniósł się na Wydział Teologii Katolickiej Uniwersytetu Monachijskiego, gdzie wykładał, już jako profesor zwyczajny, teologię moralną. Prowadził także zajęcia z innych przedmiotów gościnnie na innych uczelniach w: Ratyzbonie, Linzu, i Jerozolimie. Pracował w różnych komisjach i grupach roboczych dotyczących spraw medyczno-etycznych. Opublikował liczne artykuły na aktualne tematy związane z kwestiami etyki i teologii. W 1997 roku przeszedł na emeryturę, lecz nie zaprzestał swojej działalności.
Johannes Gründel cieszył się międzynarodową sławą ze względu nie tylko na swój dorobek naukowy, ale także zaangażowanie, które wykazał jako jedna z pierwszych osób publicznych w Niemczech na rzecz osób zarażonych wirusem niedoboru odporności. Między innymi często gościł w społecznych spotach reklamowych w telewizji. Jako profesor popierał awanse naukowe kobiet zajmujących się teologią katolicką. Poza tym należał do gorących orędowników przestrzegania praw człowieka w krajach Ameryki Łacińskiej.