Kluby dogadały się co do kwoty transferowej, jednak zawodnik nie zdecydował się na przeprowadzkę do Niemiec.
W sezonie 2005/2006, gdy trenerem Wisły Kraków został Dan Petrescu, Piotr Brożek w niektórych meczach był ustawiany w ataku, obok swojego brata Pawła. 24 sierpnia 2006 roku zdobył swoją pierwszą bramkę w europejskich pucharach, w spotkaniu z SV Mattersburg. W rewanżowym spotkaniu I rundy pucharu UEFA z Iraklisem Saloniki, w 10 minucie dogrywki ograł w polu karnym Mirosława Sznaucnera i wyłożył piłkę Mauro Cantoro, który zdobył bramkę decydującą o awansie „Białej Gwiazdy” do fazy grupowej pucharu UEFA. Sezon 2007/2008 Piotr Brożek zaczął jako zmiennik, dawał jednak bardzo dobre zmiany strzelając bramki z Polonii Bytom i Jagiellonii Białystok oraz zaliczając asysty w spotkaniach z Widzewem Łódź i Odrą Wodzisław. W listopadzie 2007 roku gdy kontuzji doznał Dariusz Dudka, Piotr Brożek wskoczył do pierwszego składu Wisły na pozycję lewego obrońcy. Do końca rundy jesiennej bardzo dobrze spisywał się, występując na tej pozycji. Na wiosnę wywalczył sobie pewne miejsce w pierwszym składzie Wisły i przebywał na boisku po 90 minut w każdym meczu ligowym, w którym występował.