Historia Bazylikę zbudowano około 500 roku na polecenie papieża Symmachusa (498–514) na miejscu grobu św. Pankracego, który został jej patronem. Kościół kilkakrotnie przebudowywano (m.in. za pontyfikatu Honoriusza I, a także w XIII wieku oraz za pontyfikatu Sykstusa IV). W 1622 roku papież Aleksander VII przekazał ją karmelitom bosym, którzy dokonali jej całkowitej renowacji. Kolejnej dokonano w XIX wieku, zachowując piętnastowieczną ceglaną fasadę z herbem Innocentego VIII. W tym samym stuleciu świątynię plądrowały wojska Napoleona Bonapartego i Giuseppe Garibaldiego, doszło wówczas do zniszczenia relikwii św. Pankracego (ocalała tylko głowa przechowywana na Lateranie, a w późniejszym czasie przeniesiona z powrotem do bazyliki św. Pankracego). W 1931 roku bazylika stała się kościołem parafialnym. Od 1997 roku bazyliką opiekują się polscy karmelici bosi, którzy zorganizowali obchody 1700-lecia męczeństwa św. Pankracego.
Architektura i sztuka Fasada bazyliki pochodzi z 1606 roku, jest prosta w swojej formie, ciemnoróżowa, z białymi marmurowymi obramowaniami okna i drzwi. Przy drzwiach znajdują się kolumny z VII wieku w porządku jońskim.