Pod koniec XII wieku powszechnie znany był już cały Organon, zaczynają się też pojawiać tłumaczenia innych dzieł Arystotelesa: fragmenty Fizyki; Metafizyki czy O duszySwieżawski, s. 465. W konsekwencji, przez większość średniowiecza, Arystoteles był znany przede wszystkim jako logik. Przekonanie to utwierdza było także przez dostępne opracowania i komentarze do jego dzieł. Szczególnie popularne były Isagoga Porfiriusza i komentarze do Kategorii i O interpretacji Boecjusza. Dodatkowo w średniowieczu krążyło wiele tekstów niesłusznie przypisywanych Arystotelesowi (np. Liber de causis czy Secretum secretorum)De Wulf, 132, I.
Platon znany był bezpośrednio jedynie z fragmentów Timajosa. Od XII w. lokalnie znane są również fragmenty Fedona i Menona. thumb|200px|Średniowieczne wydanie Timajosa Platona, pierwsza połowa X w.
Z okresu rzymskiego do średniowiecza przetrwały fragmenty dzieł Cycerona (Topiki, O powinnościach, De inventione, Rhetorica ad Herennium, Kategorie retoryczne), Lukrecjusza i Seneki Młodszego (O dobrodziejstwach). Senece przypisywano również domniemaną korespondencję z Pawłem z Tarsu (Formula Honestae Vitae, nazywana też De Quatuor Virtutibus Cardinalibus czy De Moribus), przez co był szczególnie ceniony w kręgach scholastycznychDe Wulf, 132, II.