Kariera trenerska 11 stycznia 2019 został asystentem trenera rezerw Miedzi Legnica, później był również pierwszym trenerem II drużyny. 16 czerwca 2021 został trenerem pierwszego zespołu Miedzi Legnica, z którą wywalczył awans do Ekstraklasy w sezonie 2021/2022. 11 października 2022 odszedł z klubu, po poprowadzeniu klubu w 11. meczach ligowych, w których Miedź zdobyła 5 punktów i zajmowała ostatnie miejsce w tabeli. 22 marca 2023 został trenerem Wieczystej Kraków, z którą nie osiągnął postawionego mu celu awansowania do II ligi, w związku z czym jego kontrakt po sezonie 2022/2023 nie został przedłużony. 16 czerwca tego samego roku został trenerem Arki Gdynia, z którą zakończył współpracę 26 sierpnia 2024. 10 marca 2025 ponownie został trenerem Miedzi Legnica. 4 sierpnia odszedł z funkcji trenera Miedzi Legnica, po rozwiązaniu kontraktu za porozumieniem stron https://miedzlegnica.eu/aktualnosci/wojciech-lobodzinski-odchodzi-z-miedzi-15870 . 8 września 2025 został trenerem Zagłębia Sosnowiec.