Alma, będąca wtedy w śpiączce, utworzyła łącze telepatyczne z dziesięcioletnim Fettelem co doprowadziło go do szału, podczas którego brutalnie kaleczy wielu ochroniarzy ATC. Słychać wtedy głos Fettela mówiący o tym jak „zasłużyli na śmierć. Oni wszyscy zasłużyli na śmierć.”. Nie zaniecha on swoich poczynań dopóki ATC nie zostanie całkowicie zniszczone i nie pomści on swojej matki.
Rozgrywka Gracze kontrolują Point Mana albo Paxtona Fettela, protagonistę i antagonistę z pierwszej części gry. Umiejętności Point Mana pozostają takie same jak w poprzednich odsłonach. Jako Fettel używają telekinezy, ogłuszenia i innych mocy. Obaj bohaterowie mogą używać rzeczy przeciwników, takich jak mechy. Nowością w grze F.E.A.R. 3 jest poprawiony system osłon i tryb kooperacji, w który można grać zarówno online jak i offline.
Używając helikoptera, Point Man i Fettel wracają do Fairport żeby skontaktować się z członkiem załogi F.E.A.R., Jin Sun-Kwon. W trakcie powrotu okazuje się, że cywile, którzy przeżyli wybuch, oszaleli albo zostali zabici przez ludzi Armachamu.