Historia przedstawia dziewięcioletnią dziewczynkę, Nanohę Takamachi, uczęszczającą do szkoły podstawowej, która mieszka z rodzicami i swoim starszym rodzeństwem. Zwyczajne życie Nanohy kończy się, kiedy ratuje ranną fretkę, która okazuje się być młodym zmiennokształtnym magiem o imieniu Yūno Scrya. Jako archeolog z równoległego wszechświata, Yūno przybył na Ziemię, aby zebrać dwadzieścia jeden niebezpiecznych starożytnych artefaktów – , które po raz pierwszy odkryto w jego świecie. Jewel Seeds dają żywym istotom, które stykają się z nimi, nadnaturalne moce, często zamieniając ich w potwory. Yūno, zraniony podczas próby ich zbierania, musi teraz liczyć na pomoc Nanohy, podczas gdy on dochodzi do siebie w postaci fretki domowej. Daje jej inteligentne urządzenie (różdżkę) o nazwie , niespodziewanie okazuje się, że Nanoha posiada zdolności magiczne. Podczas gdy we dwoje zbierają Jewel Seeds, Nanoha uczy się magii od Yūno, jednocześnie kontynuując swoje zwykłe codzienne życie.