Prowadzący reprezentację Meksyku podczas mistrzostw świata w 1998 Manuel Lapuente przejął znajdujący się w krytycznej sytuacji zespół z zadaniem poprowadzenia go podczas turnieju Verano w 2001 roku. Nie udało się jednak uratować zespołu przed spadkiem, ale wkrótce meksykańska federacja piłkarska postanowiła zwiększyć pierwszą ligę o dwa kluby. Atlante po zapłaceniu 5 milionów dolarów uzyskał możliwość gry o utrzymanie się w lidze z wicemistrzem drugiej ligi klubem Veracruz. Atlante wygrał zdecydowanie i pozostał w pierwszej lidze.
Odrodzenie klubu Kierownictwo klubu po uratowaniu się przed spadkiem zabrało się do energicznej pracy. Po zerwaniu związków z firmą Televisa i z Alejandro Burillo Azcárragą (właściciel firmy telekomunikacyjnej Pegaso), wprowadzono program szkolenia młodzieży. Była to zmiana filozofii klubu, który odtąd zamierzał opierać się w znacznej mierze na własnych wychowankach. Atlante wkrótce stał się klubem z największą liczbą młodych piłkarzy debiutujących w lidze po roku 2000. Najpierw Carlos Reinoso, a po nim Miguel Herrera, obaj zbudowali nowy, mocny zespół, dysponujący swym własnym stylem. Grali w nim znani piłkarze jak Sebastián „Chamagol” González, Luis Gabriel Rey (który został królem strzelców w turnieju Apertura 2003) oraz będący wizytówką klubu bramkarz Federico Vilar.